Действие разворачивается в 0096 году Вселенского Века, спустя три года с событий «Mobile Suit Gundam: Char's Counterattack» и за 27 лет до начала «Gundam F91». Главный герой, студент Академии Анахайм по имени Банадж Линкс, оказывается втянут в противостояние Земной Федерации и террористической группировки «The Sleeved» за обладание «Ящиком Лапласа», предмета, предположительно способного изменить весь ход дальнейшего развития человечества. И начинается все со дня, когда Банадж знакомится с Одри Берн...